مظفرالدین میرزا در ۱۲ جمادی‌الثانی ۱۲۶۹ ه‍.ق در تبریز زاده شد. پدرش ناصرالدین‌شاه و مادرش شکوه‌السلطنه، دختر فتح‌الله میرزا شعاع‌السلطنه سی و ششمین پسر فتحعلی‌شاه، بود.